Primer design (프라이머 디자인)

PCR이 잘 진행되려면 제일 중요한,
프라이머 디자인.

Primer design을 하기 위한 방법은 다음과 같다.

1. Primer mer 수 (Primer의 길이)

일반적으로 18~25mer로 구성한다.
너무 짧으면 비특이적 결합 가능성 증가.
너무 길면 결합 효율 감소.

2. GC함량 (GC content)

GC content는 40~60%가 이상적.

3. Tm 값 (Melting temperature)

Tm ≈ 55~65°C가 이상적

Forward와 Reverse 프라이머의 Tm은 ±2°C 이내로 맞추는 게 좋음

Tm 계산 공식 (간단한 방법):
Tm ≈ 2°C × (A+T) + 4°C × (G+C)

4. 3' 말단

* 3' 말단에 G 또는 C를 두면 Primer와 Template DNA의 안정적인 결합에 도움을 줌(GC clamp)
* 말단에 반복되는 G/C, A/T는 피하기
* 3' 말단에 상보적인 구조 있다면 harpin 또는 primer dimer 형성 가능 → 원하는 Target이 아니나 증폭될 가능성 증가 hairpin/dimer 최소화하기

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<PCR 원리는 아래를 참고 부탁드립니다.>

PCR (Polymerase Chain Reaction) ; 중합효소연쇄반응 원리